Ya,pero aunque no dieran esa explicación sería bastante obvio,pues se dice que ese ejército e para la república.Al menos eso entiendo yo,que los clones obedecen a la república,o sea,al Canciller Supremo Palpatine que es el que tiene los "poderes de emergencia".Entonces la orden de la república(Palpatine)es de que obedezcan a los jedis.Por lo general,si el Canciller manda hacer otra orden(en ese caso la 66)obedecerán.

Claro, funciona igual que cualquier ejército. Los clones tienen entre ellos a sus propios capitanes, comandantes, etc... y por encima están los Jedi, que son los Generales. Pero por encima de ellos aún está el Canciller Supremo, la cadena de mando es ésa y siempre obedecerán al más alto.

Pero la question es a quien deben lealtad, porque a la republica no, al senado tampoco, al canciller tampoco, tienen lealtad a una persona no a una institucion ni a un cargo.

¿Cómo que no? Deben lealtad a la República. Son el Ejército de la República.

Pero cuando se proclama el imperio no hacen nada para impedirlo

Pero es que los clones obedecen a Palpatine porque es el "Supremos".Él manda la república,los clones obedecen a la república.Lo mismo que la república,o sea Palaptine,ordenaba que obedecieran a los jedis manda que los liquiden.Palpatine sigue luchando y dice que la república se convierte en imperio pero los clones siguen obedeciéndole.

Es como si Ronaldinho está jugando en el Barca y el barca pasa a llamarse "Athletic de barcelona" yo que sé,pero Ronaldinho sigue jugando en ese equipo.Puede que el ejemplo no tenga mucho que ver pero es para que lo entiendas.