Para empezar, sobre quién ayudo a Nute Gunray después de TPM, cabe decir que es jurídicamente imposible que fuera Sidious, ya que éste no tiene ninguna influencia política. Sólo el Canciller Supremo podría alegar una serie de razones para que el Virrey de la Federación de Comercio conservara su puesto. Supongo que todos estamos de acuerdo en esto.

Ahora, el resto de cuestiones. Por partes:

- ¿Sabía Nute Gunray que Dooku era un Sith, y sus intenciones como tal?
Parece improbable a todas luces. Después de haber sido traicionado (o dejado tirado) diez años atrás por un Sith, nadie querría aliarse con otro. Además, los planes de Dooku como Sith (no como Líder Separatista) dejaban en muy mal lugar a todos los componentes del Movimiento Separatista (serían finalmente derrotados por la República). Así que Nute Gunray no podía saber esto.

- ¿Conocía Padmé las intenciones del Movimiento Separatista?
Habría que preguntarnos, primero, cuáles son las intenciones del Movimiento Separatista. Según la cuestión anterior, y teniendo en cuenta su ideología natural, el Movimiento Separatista buscaba separarse (como su nombre indica) de la maltrecha República, y unirse bajo una especie de confederación de sistemas. Si nos referimos a esto, entonces Padmé sí sabía las intenciones del Movimiento Separatista. Y precisamente por ello, nunca sospecharía de ellos como autores de su asesinato, ya que al Movimiento Separatista no le convenía que la República tuviera un ejército y, como todo el mundo sabía, ella iba a votar en contra. Sólo alguien que quisiera un ejército para la República tendría razones para atentar contra la senadora. Dooku, como Sith, los tiene, pero son secretos. El Movimiento Separatista, no.

- ¿Quería Palpatine evitar la muerte de Padmé?
Por supuesto. Así se explica que pidiera deliberadamente la protección de Anakin Skywalker para ella, sabiendo que sus sentimientos estaban prohibidos por la Orden Jedi. Dooku, por supuesto, desconocía esta parte del plan, ya que el fin último del mismo consistía en su sustitución como Aprendiz Sith.

estoy totalmente deacuerdo con sidious, la verdad es que es un bonito rompecabezas, espero que cuando salga el ep III lo descubramos todo

Respecto a la pregunta 2 el caso es que Padme sospecha de Dooku y no del movimiento separatista. El caso es que Padme pudo decir Dooku como pudo decir cualquier otra figura y acertar en todo caso. Los jedis al relacionar a Dooku como sith y no como lider separatista, por eso no podian concebir que Dooku estuviera detras, ya que desconocian que era el sith.

Por cierto has hecho un excelente razonamiento. Ahora lo veo todo mas claro y estoy de acuerdo en todo.

Por fin nos vamos aclarando...hemos necesitado de un Lord Oscuro para "aclarar" el tema...
Estoy totalmente de acuerdo contigo Darth. Así que como pensaba desde un principio nos encontramos seguramente ante un error argumental, mejor dicho de guión en Ep.2

sinceramente es complicado...hay q aclarar la mente y despejarla para ver la verdad...
esa brecha entre ep1 y 2 nos deja muchos interrogantes y no creo q sea error argumental d la peli,tal vez debieron aclarar mas,pero tendria q tener mucha mas duracion...
creo q sidius ayudo a gunray de alguna forma para salir ileso...en cuanto a lo q dice jedi1 estoy de acuerdo,no sabemos si lo q dice dooku a obi1 es verdad...sabra nute en realidad q dooku e sith?
yo creo q no,aunque sidius salvo el pellejo de nute(no s eme ocurre otra alternativa)tal vez lo hizo sin que el propio gunray lo supiera.
en cuanto a padme es dificil entender por que sospecha de dooku,teniendo en cuenta q los separatistas NO desean q la republica consigua el ejercito.la unica explicacion es q padme sospeche de dooku por algun motivo anterior...no se ocurre cual.
hay q tener en cuenta otra cosa,nute pide la cabeza de padme,tal vez el pidio a dooku a padme muerta para aliarse(por que no?)
otra explicacion surge por el propio sidius/palpi,el mismo pide a dooku q ataquen a padme,para q el efecto q produzca sea el que necesite proteccion...anankin entra aqui, y comienzan los problemas sentimentales de el(recuerden q obi1 mismo dice q palpi vigila muy de cerca LAS PASIONES DE LOS SENADORES,anakin es amigo d epalpi y tal vez-seguramente-le confesara susu sentimientos por padme)

Si, Dooku quería matar a Padme para que Nute firmase el tratado, pero es inverosímil que Padme piense por eso que la quieren asesinar los separatistas.