Los primeros stormtroopers fueron efectivamente clonetroopers (solo falta mirar la apariencia de éstos en el ep.III); lo que sean los stormtroopers de los años de la Alianza Rebelde ya dudo bastante...
Otra cosa, si decís que son diferentes ¿porque Temuera Morrison redobló la voz a todos los stormtroopers para parecerse a la de los clonetroopers?

deben ser el mismo modelo solo que mas avansado

Quizás los primeros stormtroopers (clonetroopers) fueron necesarios para las Guerras Clon y la Purga Jedi; los segundos stormtroopers pueden ser reclutas avanzados y voluntarios de la Academia Imperial después de que los primeros murieran todos de una enfermedad igual (recordemos que son clones) o les ocurriese cualquier otra cosa: murieran en batallas, se perdieran en la galaxia, abandonaran su trabajo como clones...

Sí y, como dice el Primer Ministro de Kamino: "Los clones están LISTOS PARA PELEAR", se supone que los clones fueron hechos pensando en una futura guerra, mientras que en ep. IV, los stormtroopers, se usan como soldados más de seguridad de edificios, nves y lugares, controlando viajeros y contrabandistas, en vez de simplemente pelear, ahí está el por qué de su ineficiencia al momento de luchar, porque están hechos sólo para patrullar. Es como si metiéramos en el mismo saco a un guardia, con un cabo.

Si, segun parece los Stormtroopers, son reclutas voluntarios, como dice Jedi1.
En cuanto lo que ocurrio para sustituir a los clonetroopers, tal vez lo vislumbreomos en EpIII.
Mi sugerencia es que se volvieron bastante ingobernables y en un imperio ya formado debe sobrar mano de obra que quiera entrar a formar parte como tropa... ya sabeis "si quieres ver mundos y emociones fuertes!, alistate en las tropas imperiales!!".

jajajaja.. ¡ te nesecitamos soldado !!