Ese es un punto muy importante.
Aquí lo que sucede es que los propios Sith creaban toda la confusión en los Jedi. Los Sith hacían todos sus movimientos a espaldas de los Jedi pero estos últimos nunca lo supieron y por esto último cayeron en la trampa tejida por los propios Sith.
Recuerda que el LO nublaba su visión por lo cual esta es una prueba clara de que los Sith ya habían sembrado la semilla del caos. La propia orden Jedi estaba enferma a causa de eso. Una orden enferma donde incluso ya no confiaban en ellos mismos (la desconfianza hacia Anakin) y donde dominaba el prejuicio.

Bien como dices, los Jedi se convirtieron en la misma plaga, sin embargo el detonante de todo esto eran los Sith, quienes por mil años desde su supuesta extinción, ya estaban infectando a los Jedi y creando toda la inestabilidad en la Fuerza y la misma República.
Con esto vemos los absolutos de Mace al usar el asesinato como opción y del propio Yoda (aunque este último aprendió la lección según como lo vemos en el Ep5 al decir que la guerra a nadie hacía grande).

Anakin, por otro lado, siendo el Elegido (creado por la Fuerza, con la intención de curarse) fue el encargado de curar a la Fuerza y efectivamente lo hizo, pero el precio fue el exterminio de la orden Jedi defectuosa (células infectadas) y posteriormente de los Sith. La profecía fue malinterpretada por los mismos Jedi, pero su escencia era la misma: destruír a los Sith (y todo el caos que ellos crearon incuyendo a la defectuosa orden Jedi).

A partir de esa vacuna surgió Luke, la célula sana. El modelo a seguir. Siguiendo los preceptos de la vacuna: el amor. Incluso Qui-Gon da una explicación sobre el amor cuando se aparece frente a Yoda en la novela (o en el cómic? no recuerdo bien) del Ep3.
Entonces lo que hace la profecía es purificar a la Fuerza. Hacer un borrón y cuenta nueva a manos del Elegido (quien al ser la vacuna, tiene partes de las celulas infectadas. Es por eso que fue tanto Jedi como Sith) quien al final también tenía que morir en pro del equilibrio y de iniciar una nueva generación. Esto es Luke y Leia. A partir de ellos y de que la generación infectaba estuviera consumada, el Equilibrio estaría en manos de los Jedi (como una orden nueva), quienes dejando atrás la sombra del LO y de los Sith, y estando sanos ahora sí podrían hacer que la Fuerza mantuviera unida a la galaxia como el campo de energía viva que es. Entonces la Fuerza quedó finalmente curada. Nuevos anticuerpos y salud; y los Sith erradicados por fin.

Entonces mi postura es que los Jedi entonces no son absolutos. Solo estaban corrompidos. Los Sith, por otro lado, ellos son solo caos y destrucción; cosa de la cual ni los mismos Jedi estan protegidos (y la prueba es en la NT. La oscuridad se estaba sembrando dentro de ellos.).

La discusión eterna que promueve George Lucas con la falta de definición de un fin, y más, si ya lías hasta los intermedios.

Ni los Jedi ni los sith siguen estrictamente los designios de la Fuerza, dado que son seres con voluntad y poderes incomparables para un ser vivo inteligente medio. Sea humano o extraterrestre.

Ya que la Fuerza es una manifestación de luz y oscuridad cuyos designios tratan de ser conocidos.

Los sith buscan su propio destino.
Los jedi creen que buscan los designios de la Fuerza.

Y por ahí va todo el rollo.