Sabemos que quedan varios misterios en el aire en el universo de SW, para ser respondidos en el último episodio (espero) pero me parece que varios de ellos tienen relación de alguna manera con Qui-Gon Jinn, veamos:
Posiblemente el más conocido, sea la cuestión de porqué no se desvaneció al morir, que de hecho ya se ha tratado en otros foros, y que contrario a lo que se esperaba, no fue resuelto en AOTC , por lo que aún no hay una respuesta oficial, por así decirlo.
Pero además, esta el asunto de la famosa voz que escucha Yoda en AOTC, (y que según el mismo Lucas tiene estrecha relación con el Ep. III) ya que como sabemos ahora, Yoda no sabía que un jedi después de morir puede conservar su identidad, lo cual lo sorprendió mucho. Entonces, si el jedi más experimentado y sabio de todos no tenía este conocimiento, ¿cómo es que Qui-Gon pudo hacerlo? ¿habrá recibido este conocimiento de su maestro Dooku, o de alguna otra fuente? ¿será que él también tenía que ver algo con el Lado Oscuro? ¿estaba involucrado en el complot de Sidious y Dooku? ¿pudo haber tomado la identidad de Sifo Dyas para ordenar los clones por órdenes de Dooku?
Recordemos que en varios aspectos era un jedi rebelde, que no concordaba con el Consejo en varios asuntos, ¿esa rebeldía lo llevaría a acercarse de tal manera al Lado Oscuro?
Otro detalle, al inició de TPM, cuando Obi-wan dice “Siento un disturbio en la Fuerza” Qui-Gon le dice: “Que raro, yo no siento nada”, ¿será solo un detalle sin mucha importancia o una pista de algo más? Recordemos que a Lucas le gustan esas cosas.
O por el contrario, tal vez su muerte fue planeada por su antiguo maestro, ¿qué tal si Qui-gon se enteró que Dooku estaba aliado con Sidious?¿O que había borrado a Geonosis de los archivos? Razón suficiente para matarlo, además de servir a Dooku como “excusa” para dejar definitivamente la Orden Jedi sin despertar más sospechas.
Tal vez a algunos les parezcan forzadas o poco probables estas situaciones, pero como dice fantasma46, en el universo de SW todo es posible.
Además, se espera que el Ep. III nos muestre algún giro inesperado, y este giro podría involucrar directamente a Qui-Gon Jinn.
Me gustaría saber que opinan ustedes al respecto.

En algún otro lugar leí una explicación acerca de esto, en la que se hacía referencia a que la Fuerza puede hacer aparecer la identidad de un jedi si ésta es necesaria.
Personalmente, discrepo de esta teoría, ya que sería atribuir a la Fuerza una conciencia, algo así como convertirla en un ente cercano a la deidad, más que en un campo de fuerza mística "que controla parcialmente tus actos, pero también puedes manipular".
Pese a mi discrepancia, aqui la expongo, por si a alguien le puede dar alguna idea.

no tengo ni dea,pero se que mucho tendra que explicar lucas en ep.III y no creo que todo nos lo haga ver,pero pa mi que qui gon en ep.III saldra o como fanatsma o alguna explicacion nos daran,no se.

Darth MAD74, me encanta esa teoría. Sinceramente me gustaría que así fuera, dándole al personaje de Qui-Gon más vidilla. ESo es lo bueno de Lucas, te hace una entrega previa que parece muy simplona, pero al ver los episodios 2 y 3, entedemos esa simpleza convertiendosose en mucho más compleja.

No se pero para mi el ep.I ya cobra algo mas de sentido con ep.II y con el III me imagin oque mas,ahora del II no me quejo nada,es espectacular.

Asi es la cosa Alien, esa es otra de las razones que me hacen pensar que Qui-Gon es una pieza clave del rompecabezas, es un personaje muy interesante como para sacarle más jugo, aún después de muerto, jeje.
Por supuesto que tendremos que esperar el Ep. III para aclarar nuestras dudas, pero desde ahora puedo apostar que Qui-Gon puede ser el As en la manga de Lucas.