Estas son las dudas:

1-Por qué Qui Gon libera a Jar Jar para q los guie por el nucleo del planeta, si mas tarde vemos q es Obi quien conduce el Bongo?
# Recordad q Jar Jar pregunta a dónde se dirigen a lo q Qui Gon dice q la Fuerza les guiará.

2-Por qué Qui Gon no utiliza sus poderes para convencer a los Gungans para la batalla final, si al principio los utiliza para liberar a JarJar?
# Qui Gon le dice a Obi q no puede utilizar sus poderes.

3-Todos sabemos q Palpatine necesita q se firme el tratado para q la posición de valorum peligre hasta dejarlo fuera del cargo de Canciller, pero por qué cuando consigue acabar con Valorum grácias a la ayuda de la reina, no les dice a los Virreyes q ya no necesita el tratado?

la 1ª es porque, JarJar tenia que salir en la peli de alguna forma, aunque la verdad es una estupidez, porque no sirve para nada, aunque al final si que sirve.

Digamos que es algo que QuiGon lo hace mediante la fuerza, le llama a hacer eso.

La 2ª es que ya lo intentan por primera vez, en la ciudad gungan, pero no lo consiguen, fijate como Obiwan le menciona lo del circulo simbiotico, pero es que la fuerza tiene unos limites y ante tanta tozudez es dificil reaccionar por mucha fuerza, y la fuerza tiene limites.

La 3ª pregunta. Sobre esta expuse una teoria o una explicación ya.
Es muy fácil, ganaba de todas formas.

Si los virreys se hacen con Naboo, el al ser canciller tiene más poder aun, y incluso puede fomentar más corrupción dentro de la galaxia al tener un planeta bajo su real poder, pues realmente al ser canciller no tiene el poder absoluto, y con el poder de esa fedaración puede hacer guerras e incluso en esas guerras manipularlas para ganarlas el y quedar como un heroe.
Le beneficiaba que se apoderaran del planeta, eso si, si perdian tampoco le perjudicaba mucho pues ya tenia conseguido el objetivo principal.

Además el que los virreyes no se retiren, sirve para efectuar un entrenamiento de su aprendiz, y este vaya mejorando y por fin revelarse a los sith.

Muchas grácias por resolverme estas dudas... Ahora lo veo todo de otra manera.

Esta es mi interpretacion:

1º Qui-Gon no quiere dejar morir a JarJar, y como tiene la oportunidad, lo salva. A lo mejor al principio creia que JarJar los guiaria, pero como el pobre no saba a donde ir, dejan que la fuerza les guie.

2º No creo que sea por lo del circulo simbiotico. JarJar es liberado por la invocacion de la ley Gungan, pero la voluntad Gungan puede ser doblegada, como se ve al pedirles un medio de transporte. Creo que no pueden usar la fuerza al final por un motivo etico. No pueden manipular las ideas para mandar a otros seres a la muerte, es una decision que deven tomar ellos. Una cosa es hacer que te dejen entrar en algun sitio, o nublarle la mente en el asunto monetario, y otra es manipular la mente de el lider de un estado para lanzarlos a la guerra. Por esa misma razon, Qui y Obi no pueden luchar por la reina, solo pueden protegerla. Los Jedis no pueden intervenir en asuntos de estado sin la autorizacion del congreso o del consejo Jedi.

en mi opinión:
1ºporque qui-gon tiene muy presente la fuerza viva,sabe que nada ocurre por casualidad y que si eso se le ha cruzado por su camino será por algo(y no se equivoca)

2ºporque no es lo mismo liberar a un preso y levártelo que cargar con la muerte de todo un pueblo(si te fias qui-gon nunca engaña a los gungans de cuales son los riesgos);digamos que el código lo prohibe

3ºporque la quiere muerta,le es más útil una reina muerta y un pueblo sometido;presentándose como el salvador de los débiles ante la galaxia y a su vez le daría la excusa que necesita para crear un ejército(si te das cuenta el EpII es la excusa de palpatine para conseguir un ejército fuerte y a sus pies).

Ahora bien, se supone también q Jar Jar le enseña a pilotar en Bongo? Tened en cuenta q antes no sabe ni lo q es.